Müzede Astronomi, coğrafya, gemicilik, zaman ölçümü, geometri, optik, tıp, kimya, mineraloji, fizik, teknik, mimari ve harp tekniği sahalarındaki eserler sistematik bir düzenle sergilenmektedir.
Sultan II. Selim, Şehzadeler, Sultan III. Murad, Sultan III. Mehmed ile Sultan I. Mustafa ve Sultan İbrahim türbeleri burada bulunmaktadır.
Harem, sultanların ailesi ile birlikte yaşadığı ve saray mimarisinin 16.yydan 19. yy başlarına kadar çeşitli dönemlerin üslubunda örnekler içeren, mimarlık tarihi açından önemli bir komplekstir.
